Les landes et les prairies
L'abandon des pratiques agricoles traditionnelles et l'évolution naturelle du milieu conduisent à un boisement progressif de la lande et des prairies à molinies. Les chênes, les charmes et les pins envahissent les lieux entraînant la disparition de ces habitats relictuels. Les Pâtis de Mesnil-sur-Oger illustrent parfaitement cette dynamique, où les habitats de landes constituent désormais un îlot relictuel cerné par la forêt. Pour limiter la dégradation des milieux, l'objectif est de débroussailler les ligneux qui ont tendance à gagner sur ces milieux ouverts et à exploiter les secteurs de pinède, boulaie et saulaie.
Les mares
D’importants travaux sont aussi menés sur les mares afin de les dégager du couvert forestier et les remettre en lumière. L’objectif est de retrouver les conditions écologiques favorables au développement de la vie aquatique. Un entretien est réalisé régulièrement autour des mares afin de limiter les rejets ligneux qui se développent.
La forêt
La réserve naturelle présente des milieux forestiers très différents d'un point de vue sylvicole. L'un des objectifs est de développer la naturalité des habitats forestiers sur la réserve par une cessation de l'exploitation sylvicole. Cela consiste à reconquérir à long terme de nouvelles surfaces de forêts à caractère naturel. Les équilibres dynamiques d'une forêt à caractère naturel sont d'ailleurs si complexes et si fragiles qu'aucune gestion active ne pourrait mieux les restaurer que la nature elle-même. Ce mode de gestion favorisera l'existance de divers habitats (arbres morts, arbres à cavités, vieux arbres,...). La naturalité permettra l'augmentation de la biodiversité des habitats forestiers, la conservation et ou l'apparition d'espèces patrimoniales.
